Кандидатуру Захарова на рассмотрение в верхнюю палату парламента, которая окончательно утверждает претендентов на должность замгенпрокурора, внес российский президент Владимир Путин.

В октябре 2018 года заместитель генпрокурора Саак Карапетян погиб при крушении вертолета. Месяцем позже еще два зама Чайки, Иван Семчишин и Александр Гуцан, ушли в отставку. С того времени в ведомстве вакантны еще две должности заместителей.

В январе генпрокурор Чайка обратился к премьер-министру Дмитрию Медведеву с просьбой приравнять зарплату прокуроров к судейской – то есть повысить ее приблизительно вдвое.

1 декабря 2015 года Фонд борьбы с коррупцией Алексея Навального опубликовал фильм-расследование о бизнесе окружения Чайки, в том числе его сыновей.​ Чайка заявил, что расследование носит заказной характер. Заказчиком, по словам генпрокурора, является Уильям Браудер и стоящие за ним иностранные спецслужбы.​

В декабре 2017 года Министерство финансов США внесло в "список Магнитского" Артема Чайку – одного из сыновей генерального прокурора. В ведомстве считают, что Артем Чайка использовал служебное положение своего отца для получения государственных контрактов и оказания давления на конкурентов. Свое включение в санкционный "список Магнитского" сын генпрокурора России назвал попыткой оказать давление на прокуратуру. По его словам, попытка властей США "обречена на провал".